[Сампер]

Существует процедура предоставления преференций, установленная Соглашением.
Данная процедура осуществляется при выполнении условий, перечисленных в Соглашении.

Существует процедура восстановления преференций, не установленная Соглашением, но установленная ТК ТС. Данная процедура осуществляется при выполнении условий, перечисленных в ТК ТС.

Не могу понять, что здесь можно не понять.

Восстановление применяется, когда есть что восстанавливать: есть преференция, но нет документа, подтверждающего страну - есть возможность представить данный документ после по ч. 3 ст. 63.
В случае с Вьетнамом, преференция есть только, когда документ представлен до подачи ДТ, документ не представлен, преференции нет, восстановить нечего.

Т.е.:
Есть общий порядок представления преференций, прописанный в ТК ТС, частью которого является возможность представления документа после подачи ДТ.
И есть специальный порядок представления преференций по Вьетнаму, которым предусмотрено представление преференции только при подачи документа до подачи ДТ.