[mik]

Уточним условия задачи.
Заказчик - фирма RU, заказчик международной перевозки.
Перевозчик I - фирма LT (не резидент RU) осуществляет международную перевозку для Заказчика
Перевозчик II - фирма RU (резидент RU), выполняет перевозку по Заказу Перевозчика I (фирма LT) по территории РФ во исполнение договора между Заказчиком и Перевозчиком I.

Договор Заказчик-Перевозчик I - НДС 0%. Международная перевозка.
Доказательство для Налоговой:
В договоре, акте указание "международная перевозка". Место загрузки (выгрузки) за пределами РФ. Правильное заполнение граф 3, 4 CMR.

Перевозчик I LT у себя НДС не платит, так как заказчик Не резидент ЕС и Международная перевозка. Заплатил НДС Перевозчик II в RU или не заплатил Перевозчика не волнует.
Перевозчику I LT лучше брать перевозчика на УСН, что бы не заниматься лишней бумажной работой (доп. расходы на пересылку косяков по оригиналам документам и их подготовка)

Заказчик II - на участке RU-RU.
Вариант I – удобный и дешевый – быть на УСН (не плательщик НДС (0%))
Вариант II (плательщик НДС)– дополнительные документы + расходы связанные с получением оригинальных документов. Для применения ставки 0% должен собрать доказательные документы, что он принимал участие в международной перевозке во исполнение обязательств Перевозчика I LT перед Заказчиком.

Окончание перевозки в РФ? Импорт?
А то у Вас условия: Место загрузки (выгрузки) за пределами РФ.