[Boggart]

Полагаю, так корректнее фраза раскладывается:
3. Декларация о соответствии и сертификат соответствия имеют равную юридическую силу и действуют на всей территории Российской Федерации в отношении каждой единицы продукции,
1) выпускаемой в обращение на территории Российской Федерации во время действия декларации о соответствии или сертификата соответствия,
2) в течение срока годности или срока службы продукции, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Это независимо.
Важно произвести в период действия СС/ДС, соблюсти этот срок. А затем вводить в оборот, если позволяет срок годности.
П.3 и декларирует, что продукция соответствует требованиям в течении своего срока годности, СС/ДС действительны на нее.

Оба условия должны быть выполнены в отношении товара. Если эти 2 "части" фразы независимы, то зачем тогда вся часть 1)? Без нее все прекрасно работает в Вашем варианте прочтения (опять же см. пример с 28й).