Почему - бред. Его косяк. На него должны лечь все расходы вашей компании, связанные с допоставкой, за исключением тех, которые вы могли бы не нести (не обязаны нести, но понесли). Инвентаризация - в т.ч. Она не обязательна в данном случае по закону.
Но все расходы умнО предъявить перевозу постфактум. После того, как привезёте товар, оформите его, выпустите и выгрузите на складе у себя. Подбили бабки - и перевозу выкатили...
Не странная. ДТ - это первичный документ для бухов наравне с инвойсом, контрактом, CMR. Причём документ, где государевы люди подтверждают заявленные вашей компанией сведения. Весомый документ для всех инстанций. Государство ж у нас умное, ошибаться не может...
Ну вот с т.з. логики... Откуда взялся лишний товар Вы таможне объяснить сможете. Главное сейчас для Вас - не поругаться (с помощью Вашего главбуха) с перевозом, иначе он вам ничего не подтвердит и не привезет. Если Вы привезёте его (перевоз доставит) по тем же документам + акт с перевозом о недопоставке, заплатите (ещё раз!) все платежи с этого количества, то государство в накладе не останется.
Посоветуйтесь в таможне. Вас за это никто не укусит и привлечь, в принципе, не за что...