[Сампер]

То есть обязанность предоставлять была, но был выбор способа ее предоставления. А сейчас в новом ТК ЕЭАС сделали эту обязанность исключительно электронной.

Обязанность была электронной с 2014 года.
ТК ТС

Статья 16. Обязанности таможенного представителя
3. Таможенный представитель обязан представлять в таможенные органы отчетность, в том числе с использованием информационных технологий, в соответствии с законодательством государств - членов таможенного союза.

311-ФЗ

Статья 59. Ведение учета и представление отчетности лицами, осуществляющими деятельность в сфере таможенного дела
2. Формы и порядок представления отчетности лицами, осуществляющими деятельность в сфере таможенного дела, устанавливаются в соответствии со статьей 177 настоящего Федерального закона.

Статья 177. Проверка системы учета товаров и отчетности
6. Таможенный представитель каждые шесть месяцев обязан представлять до 15-го числа месяца, следующего за отчетным, в таможенный орган отчетность о деятельности таможенного представителя. Порядок представления указанной отчетности утверждается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела.

Приложение N 1
к приказу ФТС России
от 24 сентября 2014 г. N 1860
ПОРЯДОК
ПРЕДСТАВЛЕНИЯ В ТАМОЖЕННЫЙ ОРГАН ОТЧЕТНОСТИ О ДЕЯТЕЛЬНОСТИ
ТАМОЖЕННОГО ПРЕДСТАВИТЕЛЯ
2. Отчетность, представляемая юридическими лицами, включенными в реестр таможенных представителей, направляется в ФТС России в электронном виде с использованием сервиса "Личный кабинет" в разделе "Сбор статистических форм учета перемещения товаров ТС", размещенном на официальном сайте ФТС России, и регистрируется автоматически в Единой автоматизированной информационной системе ФТС России в момент поступления.
3. Отчетность о деятельности таможенного представителя подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью.

О каком выборе между бумагой или электронкой вы говорите?
Выбор был до внесения изменений в 311-ФЗ в 2014 году.