[Quantum satis]

Означает ли это, что и в налоговую базу для НДС её добавлять не надо?

Кого "её"? "Таможенную пошлину"?
"Таможенную пошлину" добавлять не надо по причине её отсутствия в природе, надо добавлять ввозную пошлину, по причине её наличия.