[пенсионер]

Если у таможенника возникли подозрения в штампе ТПП (он сравнил ее с оттиском в своей папочке дсп и понял, что чего-то не хватает), он обязан этот серт отправить на проверку в ФТС, копию письма вам на руки. Кто там что сказал - к делу не пришьешь))
Поэтому у вас два варианта - если есть время, запросить у клиента серт еще раз с читаемым оттиском, если времени нет - подаваться без преференций, и по факту получения хорошего серта (или получения ответа из ФТС по факту проверки вашего) - подавать на восстановление преференций.

Категорически не советую подавать без преференций. Ибо " есть мнение", что чтобы восстановить преференции их надо заявить пусть и с " плохим" сертом.