Даю обновление, если вдруг кто тоже поторопится с решением и попадет в такую же ситуацию
Не стал уже ничего исправлять, подал последнюю ДТ с тем распределением, которое было, суммы все же незначительные, как и по весу расхождение. Итог - ДТ выпустили спустя час с копейкой без каких-либо вопросов. Сложно однозначно оценивать ситуацию, т.к. всегда в основном все от принимающего инспектора зависит.
Единственная проблема с ДТ, которая сейчас на продлении выпуска находится с уведомлением о взвешивании. Опять же, дело в инспекторе. Вчера уже выпустили одну из трех дт, инспектор данные о взвешивании сообщал и прекрасно видел, сегодня выпустили третью поданную дт, с ней уже крепил карточку взвешивания, а по второй, что на продлении выпуска, инспектор мне говорит по телефону "как увижу данные о взвешивании - тогда Вас выпущу только", всю ситуацию ей описал, попросил сделать запрос, чтобы я карточку взвешивания ей прикрепил, нехотя сказала мол ок, сделаю - и уже 3 часа сижу пялюсь в монитор с осознанием того, что ничего она уже делать не будет сегодня

.
По пересчету прикинул, по второй ДТ, где после корректировки веса по карточке взвешивания расходы на транспортировку больше на 273,04 рубля выходили, получается, что не сделав распределение транспортных в соответствии с карточкой, я не уплачу 27.28 руб в пошлину по этой ДТ, а также 54.05 руб в ндс, в сумме это меньше 100 рублей, доллар с копейкой. Учитывая, что в случае с другими ДТ суммы в несколько раз больше и при пересчете распределения транспортных расходов к уплате пошла бы меньшая, т.е. там фактически произошла переплата пошлины и ндс, но уже на более весомую сумму, считаю, что ничего страшного это не сулит.