Уже бились когда-то по этой теме. 
Зависит от контекста обсуждаемого.
Кофейная гуща или гуща кофе (с) - женский род.
Зерно кофе - средний род.
То, что наливаем в чашку - жидкость, нас учили как мужской род, хотя слово заимствованное и у разных народов имело как муж., так и жен. род.
Говоря о растении кофе вообще и зернах кофе в частности - средний род вполне допустим. |
Зерно, дружище йузерс, действительно среднего рода. Как и гуща - женского...
)))
В приведённых тобой словосочетаниях "кофе" - слово зависимое и никак род главного слова не определяющее.
Кофе, вне зависимости от его формы, вида или состояния, всегда был мужского рода.
До недавнего времени. Пока не вмешалось ОНО...
)))