[Бегунок]

Из этого письма следует, что при отказе в выпуске нет нужды делать КДТ

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_113714/

А ты более старое письмо не мог найти.
Вообще то сейчас в таможнях пользуются письмом ФТС 14-07-34/04306 от 26 февраля 2019 "Об обеспечении зачёта излишне уплаченных таможенных платежей при отказе в выпуске товаров".