[Vovez]

В официальном заявлении указывать, что в случае отказа вынуждены будем подавать в суд? А мы можем от себя все это делать? Мы экспедиционная компания, но ведь есть и договор и заявка с отправителем, по логике вещей мы можем это сделать так же?

Можете. Но лучше отправителю этим заняться.
Ни про какое нарушение с Вашей стороны или его речь не идёт. Кроме отметок таможни на границе, у Вас полный пакет документов, подтверждающих факт вывоза.
Проблематично, но доказать можно.
В заявлении про суд лучше не указывать. Я бы взял оригиналы всех документов и вместе с письмом сам на приём к шефу поехал. он не меньше других заинтересован сделать всё правильно. И скорее всего он знает как именно это сделать. Ну, а уж в разговоре надо будет дать понять, что суда хотелось бы избежать, но сумма большая и Вы к нему готовы.