[Brock]

В официальном заявлении указывать, что в случае отказа вынуждены будем подавать в суд? А мы можем от себя все это делать? Мы экспедиционная компания, но ведь есть и договор и заявка с отправителем, по логике вещей мы можем это сделать так же?

С точки зрения законодательства вы можете подать в суд. Но соглашусь с Вовцом, лучше это делать отправителю, ведь нулевую НДС подтверждать ему, а не вам...
Вообще, ситуация тупая. Срок ответа таможенного органа на ваше обращение - месяц. Ровно столько же живет непогашенная экспортная ДТ. Вполне возможно, к моменту рассмотрения дела в суде уже нечего будет обжаловать