| 
				 Вот интересует почему в случае авиационных РЭС - юрисдикция минобороны? 
		 | 
	
	
 
Какие-то у Вас странные глобальные вопросы по определению компетенций органов. Ну для понимания например почитайте ВЗК РФ (воздушный кодекс) и все относящееся к регулированию воздушного пространства. 
Область деятельности Роскомнадзора не распространяется на РЭС и ВЧУ в составе воздушных судов. Там как бы действуют другие нормы и требования (в том числе по частотам и мощности).
Если РЭС идет не в составе воздушных судов можете обращайтся в Роскомнадзор, но если в дальнейшем будет установлено в ВС лучше сразу идти в минобороны.