Делаете обращение и КДТ на бумаге, правильно заполните графу В на бумаге (в платежном поручении ИНН с суммой) и подаете в таможню на бумаге с указание, что для отдела таможенных платежей. К письма можете приложить скрин из ЛК о невозможности подачи.
Если сомневаетесь в правильности заполнения звоните в таможню в отдел платежей.