Конкретно в этом случае зелёные не перегибают палку? ТС работает по обычной схеме - Экспедитор выполняет обязательства по рамочному договору ТЭО (типовому, блин!), выставляет счёт, куда по умолчанию включает весь ExW - свои издержки, маржу, погрузки-разгрузки, доставку до хаба (при авто) и прочее, плюс разбивка "до....от...." - всё. Что ещё надо? С какого перепугу заказчику перевозки ещё морочиться с каким-то там "вознаграждением"? Что за бред? И, кроме того, любопытно - что именно ТСу "доначислили" - как и в каком размере.
Если исходить из представленного им - жаловаться. Тыкать в тапки. Атавизмы "я тут главный" ещё встречаются, да.
p.s. Ваш Ник одобряю. "Speakin' words of wisdom..."