[Морской чертяка]

Нету пункта.
Но, что это меняет в контексте темы, заданной автором?
Контрольная и арбитражная проба в случае выявления несоответствий в сведениях о товаре неизменно остаются в ЭКС, как и сказано в письме. Кодексом это положение никоим образом не меняется.
P.S. Письмо имеет статус действующего.
Вопрос

... ну, так себе вопрос, прямо скажем.)
Все документы изданные ФТС и ГТК, не утратившие силу, продолжают действовать в части, не противоречащей ТК ЕАЭС.)

Внимание! Письмо фактически не применяется в связи с вступлением в силу приказа ФТС России № 2264 от 20.11.2014 г.
//
По расходам всё-таки противоречит.