по поводу будет ли программа ругаться или не будет - не известно. Мы обновление вообще только 9-го должны получить.
по поводу разбивки мест - да, сейчас именно так: теперь общее кол-во мест из графы 6 (и соответственно из CMR-инвойсов), должно соответствовать сумме кол-во мест по товарам по гр.31_2. Т.е. что-то может занимать часть места (соответственно 0 (часть места)), а что-то должно тогда занимать всё место.
А по поводу "пакетиков (SH), пакетов(PA), коробочек(CT), коробок (BX)" советую не так МЕЛКО заморачиваться. Т.е. в описание в 31-й указывайте - в индивидуал.п/э уп-ке (или картонной уп-ке), а у в гр.31_2 указывайте только большие коробки и паллеты.
Удачи!