Интересно, а как выглядит ваш инвойс? Сама цена товара в инвойсе как указана - как в контракте? В вашем случае инвойсе должно быть расписано:
Х тонн * У долл = Z долл.
В данную сумму входит N долл. за транспортировку товара из п.А в п.Б?
Итого к оплате: Z олл.

У вас итог в инвойсе какой - Z или Z+N?

Если это не расписано, то налоговая права. Если расписано - натыкайте ее в инвойс носом.