У нас постоянно такие проблемы возникают. делаем так: ГТД подаем по 1 методу, таможня заставляет делать КТС, делаем 1/0000/1 по 6 на базе 4 ( на этой неделе у нас 12 руб/кг.-очищаем:25 торг/надб, 10 ндс), затем кучу документоы собираем (даже калькуляцию от производителя) и делаем окончательную КТС с возвратом платежей. Дело муторное, но куда деваться.... (Пока все доплаты платежей возвращали тьфу-тьфу.)