Не знаю, что за специфику имеете в виду: в Питер так же подавали документы как пишет Проходящий (декларация была офорлена на внутренней таможне). Отправляли тоже экспедитору. Но был опыт, когда просто посту отправляли.
И в Ново, когда декларировали по ВПД - после отгрузки делали ПД и ее с коносаментом отправляли на пост в порту или агенту.
А когда декларировали непосредственно в Ново - отметку делали на ПД (после ее оформления) непосредственно в Ново. Этим у меня агент занимался. И высылал уже отмеченную ГТД.
Так что, какие там морские особые НЮАНСЫ - не знаю!

Поручение на отгрузку там написано.
Коносамента (бортового) на момент оформления ещё нет.

Когда ГТД подается до прихода судна в 44-ю графу под 2 бьется ТСД. А коносамент составляется уже по факту прихода судна и погрузки товара.

2 С Санкт-Петербургом возникали "трения" в отношении необходимости приложить обязательно т.н. "фидерный" коносамент, по которому товар вывозился морским судном до Европы, где осуществлялась перегрузка на океанское судно. Хотя лично мое мнение, что коносамент, выписанный в СПб на маршрут СПб-Нью-Йорк являлся достаточным товаросороводительным документом, на основании которого товар пересек границу РФ. Таможня требовала "фидерный" коносамент на основании того, что "из Санкт-Петербурга океанское судно не выходит в виду мелководья, а перевозка до Европы осуществляется морским судном на основании фидерного коносамента". (Насчет процесса транспортировки не спорю, оспариваю лишь то, что таможню не устраивал представленный нами коносамент).