Если нет принципиальной необходимости действовать от имени обособленного подразделения, не вижу препятствий таможенному брокеру, получившему свидетельство (без территориальных ограничений в деятельности) в Москве, декларировать товары клиентов в любом таможенном органе страны.
Естественно, во всех документах и договорах с клиентом используя реквизиты моковского головного предприятия.