Если в бухг. все как в ГТД и товара в наличии нет, то не вижу никаких проблем с прошедшими ГТД.
"но это поправимо" - хорошая фраза
По новой ГТД надо сделать документы в строгом соответствии с грузом. Потом Глубоко вздохнуть и .... продолжайте по собственному вкусу
Удачи.