[prosto]

Гражданская компания ничуть с министерством обороны не связана. И общую информацию уже изучила.
Может оформление и prosto, но хотелось про особенности узнать заранее.
Учитывая, что подразделения одной компании нужно ли составлять договор на безвозмездную поставку?

Можете не составлять.
Составьте счёт-проформу, укажите в ней, что товар поставляется без оплаты.