Ну а мне остаётся отрицать отрицание.
То, что это не только Ваше мнение, мне хорошо известно. Наши с Вами привычки произносить так или иначе слова или словосочетания, вряд ли можно считать исторически сложившимися нормами.
Кроме того, первоначальное значение слова, на мое ИМХО, не должно накладывать условия на произношение однокоренных современных словообразований. Иначе мы будем говорить "на Краснодарском крае" или "на Ставропольском краЮ",или же по аналогии с "Окраина-УкрАина-УкраИна" "Русь-Россия" "на Руси-на России".
Ничто в русском языке не мешает говорить "в Украине" как и "на Украине". Когда мы говорим о географическом пространстве, местности,обычаях людей, живущих на этой территории можно употреблять "на", когда говорим о государстве, стране можно говорить "в".
Совсем немного стран, в отношении которых мы употребляем предлог "на".
Касательно "Алма-ата" и "Алматы", то совершенно непонятно, исходя из каких правил русского языка, справочная служба даёт такой ответ (по приведенной Вами ссылке).
"
"Алма-Ата" - название нелепое как морфологически, так и семантически - всего лишь набор слов "Яблоко-Дед", непонятный гибрид двух казахских слов, который не поддается смысловому переводу."
Об исторически сложившейся норме этого названия:
"
Алма-Ата - это искусственное название, придуманное буквально за полчаса русскоязычными партработниками из Ташкента на собрании Президиума ЦИК Туркестанской АССР в тогдашнем Верном (ныне - Алматы) 5 февраля 1921 года."