при экспорте товара возмещается только оплаченный НДС - т.е. по входящим счетам-фактурам
таможенная (экспортная) стоимость товара влияет на валютную выручку, ну и на налог на прибыль.
возмещением НДС занимается налоговая после камералки. след. производителю нужно будет доказывать оплату НДС при производстве товара.