Если есть валютная оговорка в ПС, тогда вытсавлять и оплачивать инвойсы по контракту можно в указанных валютах. Заполнение ГТД идет согласно фактически оплаченной валюте. Если оплатили в ЕВРО, то все расчеты по ГТД - в ЕВРО. Даже если основная валюта контракта - доллары.

А то, что в контракте прописаны случаи "утери товара" на просторах нашей родины и связанные с этим фактом условия расчетов между Сторонами контракта, так это самой сделки не касается.

Ввоз и вывоз соответственно следует оформлять согласно фактически оплаченным инвойсам. В согласованной валюте.