[Из кустов]

Далее составляется протокол по факту недекларирования 100 маек, со ссылкой на то, что я «не задекларировал данный товар хотя должен был их задекларировать в письменной форме и уплатить со всех маек платежи поскольку товар коммерческий. Т.е. будет ч.1 ст.16.2 КоАП РФ - недекларирование товаров подлежащих декларированию».

1. Ваша ошибка - неправильное понимание ч.1 ст. 16.2. Правильно следует читать состав АП так:
недекларирование товаров по установленной форме

Вы задекларировали товар, но не по установленной для него форме, поэтому получите постановление о привлечении Вас к административной ответственности.

2. Вы совершенно правы по поводу парадокса:
Применить упрощённый порядок таможенного оформления физ. лицо может в случае соблюдения некоторых условий
НО!
Соблюдение или не соблюдение этих условий физ. лицом определяюется исключительно таможенным органом. И определяется это уже после того, как физ. лицо применило упрощённый порядок.

Эта ситуация чем-то напоминает ситуацию с классификационным кодом и ч.2. ст. 16.2.

У меня есть предположение как в этом случае следует поступать, но я пока не готов его утверждать с полной уверенностью, нужно его ещё внимательно обдумать.

Вот это предположение:

Если физ. лицо задекларировало товары в упрощённом порядке и таможенник, в ходе таможенного оформления установил, что упрощённый порядок не применим, то фактически таможенник принял решение - выпуск запрещён.
Физ. лицо должно либо обжаловать это решение, либо, согласившись с ним, декларировать товар не в упрощённом, а вобычном порядке.
И ни о каком деле об АП по ч.1. ст.16.2 быть не может, т.к. предназначение товара определяет таможенник.