[Maximych]

Если Вы выиграли судебный процесс, то на основании решения суда таможенный орган обязан возместить Вам ту сумму, которая будет указана в решении суда.
Если таможенный орган в установленный срок не выплачивает Вам деньги, то Вы подаете два заявления: одно в службу судебных приставов для принудительного взыскания (сумма будет снята со счета Государственного казначейства), другое в прокуратуру о возбуждении уголовного дела за неисполнение решения суда.
Опытные адвокаты знают, как быстро взыскать присужденные суммы.

Не совсем так. Поскольку уплачены таможенные платежи в Казначейство, то, как правило, по искам о взыскании излишне уплаченных сумм (неправомерные действия таможни) исполнительный лист с пакетом подтверждающих документов направляется в Казначейство, которое в 30-дневный срок обязано вернуть истребованную сумму на р/с импортера.
Бывает второй вариант, он проще, если импортеру постоянно нужна оборотка на таможне - тогда пишется письмо и уплаченные платежи идут в зачет будущих поставок. С таможней делается сверка, как обычно и по накатанной.