[SandySoft]

1). Сейчас у меня имеется 7 проформ с предварительной оплатой по каждой проформе 50% суммы, и конечный ЕДИНЫЙ Инвойс, по которому мы оплатили одним платежом окончательный расчет по всем 7 Проформам. Соответственно, я хочу составить одно ГТД по единому Инвойсу. Но получается, что я не выдержал Условие Контракта.

Какие условия контракта Вы считаете, что не выдержали? Думаю, что ничего страшного нет в том, что Вы произвели один общий суммарный Окончательный Платеж за 7 партий, если уложились в эти оговоренные 5 банковских дней.
Кстати, как у Вас фиксируется эта дата получения Покупателем транспортного документа, Коммерческого Инвойса и Упаковочного Листа ?

2) у меня имеются проформы с предварительной оплатой 50% и окончательной оплатой 50% суммы по каждой проформе, и конечный ЕДИНЫЙ Инвойс по которому приходит товар. Примет ли таможня такую ГТД?

Счета для оплаты и инвойс, который идет вместе с грузом, очень часто отличаются по своим номерам. В ГТД у Вас будет указан инвойс, поступивший с товаром, но для подтверждения произведенной оплаты приложите копии счетов, на основании которых производили оплату и копии платежных поручений, в которых наверняка делали ссылку на номера тех счетов, которые были выставлены Вам для оплаты.