Не совсем так. Таможня может также не согласиться с определённой декларантом ТС в рамках первого метода. Например, несогласна с вычетом транспортных расходов по территории России или считает необходимым включить в ТС лиценционный платёж.

Так, что таможня вполне может принять ТС в рамках первого метода