То, что я Вам посоветую на самом деле не правильно, но... Я пару раз так бухгалтера обманывала.
Все изменения в ГТД заверяются Вашей печатью, так? Берете свой фирменный бланк, пишете письмо в таможню "В связи с допущенной технической ошибкой при оформлении ГТД №... просим внести изменения в графу №.., а именно вместо "...." указать "....". Данная ошибка не привела к уменьшению причитающихся к уплате таможенных платежей. и т.д. и.т.п". Берете свой экземпляр ГТД у бухгалтера. Показываете бухгалтеру письмо (еще лучше регистрируете исходящий) и сообщаете о намерении идти в таможню. Идете в другой кабинет, снимаете копию с заявления. Оригинал прячете подальше. Исправляете сведения в ГТД, заверяете своей печатью и через пару дней приносите бухгалтеру: "Вот Вам копия нашего письма и исправленная декларация". Еще можно вписать в графу С бланка ГТД "Скорректирована гр№ " почерком, похожим на почерк инспектора. А себе на память оставьте копию неисправленной ГТД (вдруг таможня увидит ошибку и Вам придется обращаться к ним?). Можно будет сказать, что оригинал ГТД в банке или в налоговой и они внесут Вам изменения на копии.
Еще раз напоминаю - это плохое дело, но бывает и так....
Правильнее было бы обратиться в таможню с этим письмом. Тут нет протокола. Главное, напишите, что "не повлияло на суммы..."