В Вашем понимании таможеная операция это только физическое действие с товаром?

Думаю, что Вы сужаете смысл термина , который дан в ТК:
тамженная операция - действие в отношении товара

Не "с" товаром, а "в отношении" товара. Почуствуйте разницу.

Вот Вам справочка из словаря Ушакова

ОТНОШЕ'НИЕ, я, ср. (книжн.).

1. только ед. Действие по глаг. отнестись в
1 знач. — относиться. Невнимательное о. к делу. Хорошее отношение к детям.
2. Связь, касательство, участие. Я имею нек-рое о. к этому предприятию.
3. только мн. Взаимное общение, связь между кем-чем-н. (людьми, обществами, странами и т. п.), образующаяся из общения на какой-н. почве. 4. Различного рода связь между двумя величинами (науч.). Имя прилагательное выражает о. к предмету. Геометрическое о. (частное от деления одной величины на другую). Арифметическое о. (разность двух чисел). В прямом, обратном отношении.
5. Деловая бумага, посылаемая одним учреждением или официальным лицом другому (канц.). Из готового уже дела велено было ему сделать какое-то отношение в другое присутственное место. Ггль.
◊ По отношению к кому-чему — употр. в знач. предлога, указывающего направление действия. Я был по отношению к вам немножко нелюбезен. Чхв.
В отношении кого-чего — то же, что по отношению. ...Ведущая роль социалистического города в отношении мелкокрестьянской деревни велика и неоценима. Стлн.
В этом отношении — с этой стороны, в указанном смысле. Я чувствую, что в этом отношении я еще свеж и непорочен. Слткв-Щдрн. Во всех отношениях — во всём, со всех точек зрения. Работник хороший во всех отношениях.