Пошлину и НДС можно заплатить одним платежным поручением.
В платежном поручении укажите код Авансового платежа - 153 1 10 09000 01 0000 180
Рекомендую обязательно указывать в платежном поручении КБК.
Посмотрите
вот эту тему относительно кодов бюджетной классификации и относительно того
стоит ли их указывать в платежках.