Выгрузка на СВХ подразумевает фактическое размещение груза. С пересчетом мест. При недостаче требуйте составить Коммерческий АКТ и откорректировать ДО1. Это обязанность СВХ. Акт досмотра не подписывайте, до тех пор, пока в него не будут внесены верные цифры. После этого корректируйте ГТД и выпускайте по факту. Будут быковать, не подписывайте ГТД и ДО2. И заявление на имя начальника таможни. Всё.