Оформить легковые автомобили по ГТД в Новороссийской таможне Вам не удастся, по той причине, что Новороссийская таможня не оформляет по ГТД товары на которые выдается ПТС (ПСМ). Ближайшая "компетентная" таможня - Краснодарская. Вам придется оформить внутренний таможенный транзит до Краснодара и подавать ГТД там. Еще попробуйте узнать в Краснодарской таможне, может примут ГТД в Краснодаре и дадут поручение на досмотр в Новороссийскую таможню (удаленный выпуск называется этот вариант, если не ошибаюсь). Тогда после выпуска, машинки с ПТС пойдут из Новороссийска оформленными, не надо будет по ВТТ гонять.
Если надо будет с ВТТ пособить, или еще чего, пишите в личку.
Если Вы как ИП приобрели по контракту товар, и даже ПС имеется

оформляете так же как и юрлица.
Подать ГТД Вы можете в любой таможне, только таможня имеет право требовать представления товаров...