Антон Псков, для начала получи от ГАИ письменный отказ в регистрации. Они его обязаны дать, причем с обоснованием почему они отказывают. После этого подаешь Жалобу в мировой суд (ответчик разумеется ГАИ). В ней пишешь, типа подал в ГАИ такие-то документы (полный перечень прикладываешь), а с меня требуют еще и ОТТС, которое не входит в перечень документов необходимых для регистрации. Подробнее, читай этот документ
http://www.gibdd.ru/registration/
и в нем ищи все что ГАИ незаконно от тебя требует, это и указывай в Жалобе, желательно указывая номера пунктов этого самого приказа.
Если вдруг в суде ГАИ захочет привлечь к процессу еще и таможню, это в принципе их право, но поскольку таможня тебе выдала ПТС абсолютно правильно (для физических лиц графа ОТТС никогда не заполняется), то ничего ГАИ светить не будет. Отсутствие шильды тоже не является криминалом.