[пенсионер]

Не всегда.
Нам раньше отдел платежей отказывал на основании, что преференции не были заявлены при декларировании. Потом правовой разъяснил, что незаявление преференций при декларировании не является основанием в отказе предоставления после выпуска.
Сразу уточнюсь, что речь шла о льготах по НДС ( по Постановлению Правительства).
Думаю по преференциям по стране такая же фигня.

Правильно правовой пояснил, но практика, особенно по преференциям связанным с происхождением товара иная в таможнях. Таможни делают все что бы отказать, люди идут в суд, поэтому основания будут иные.
Например стандартный ответ : " Досмотра не было и поэтому после выпуска нельзя достоверно установить тот ли товар ( той страны ) был на самом деле ". С НДС проще.