[Дедушка с кайлом]

Катя, у Вас СРТ-Москва, т.е. в стоимость товара включена стоимость доставки до Москвы. Вы вправе заявить вычет на стоимость доставки от границы ТС (в случае с Балтийскими государствами она может совпадать с границей РФ) до Москвы. Если есть подтверждающие документы - это будет Вашей таможенной стоимостью. В ДТС эти вычеты и указываете.
Что касается 46-ой графы... Тут сложнее. Вы должны, по идее, страховку из пальца высосать. Обсуждали тут неоднократно. Я бы посоветовала сделать так, как вы и написали. 42 графа равна 46, ежели чего, можно сказать, что Вы не вычли транспорт от границы, поскольку нету страховки. Типо, одно компенсирует другое)))).
Как-то так (с)

А как ты вычтешь транспорт от границы до Москвы из ДТС? Тогда у тебя и 42-я поплывет, вслед за ней. Нет, ребята, 46 графа - это хня, не обращайте на нее внимания.