Если в ходе таможенного досмотра товар не измерялся, то есть два выхода:
1. Если нормальные отношения с таможней, то выложить всё как на самом деле, сдаться с потрахами, устроить большой переполох, создать работу себе и таможне недельке на две: откорректировать ГТД, а если ещё был отчёт по лицензии, то и лист исполнения лицензии (хотя не представляю как это можно сделать), получить рекламацию от инопартнёра и по ней допоставить товар.
2. Если пункт 1 не подходит, то нарисовать дополнительное соглашение контракту, а лучше заключить новый договор с инопартнёром на оказание услуг и заплатить им за предоставление услуг. (Такой вариант пройдёт если нормальные отношения с инопартнёром).
Может быть кто-нибудь и более дельное посоветует, но ситуация действительно серьезная
