Да, скорее всего.
На самом деле факт продажи товара - это не заключение договора, не факт оплаты за товар и даже не факт отгрузки (что бы на этот счет ни гласила 167-я статья НК РФ). Факт продажи это передача товара продавцом покупателю. У топикстартера передача состоялась после выпуска. Так что в общем-то все пучком.
И если не брать Чапаевский вариант, когда таможня по беспределу возбудится по 16.14 и заставит бедного декларанта совместно с перевозом доказывать, что товар не покидал ЗТК, единственное, что ей остается - мстительно настучать в транспортную инспекцию. На предмет проверки, не было ли каботажа.