Может я чего-то не понимаю, но у меня вообще в голове не укладывается как можно вести не раздельный учет.
Учет он на то и учет, не зависимо от того какую систему вы применяте 1С или SAP.
Любая товарная партия, которую вы приходуете оформляется отдельной (раздельной) проводкой в системе учета вашего предприятия, не зависимо от того импортный это товар или какой-то еще, применяли вы упрощения или не применяли, ввезли сами или нет, оформляли сами или через тампреда... ЭТО ваш учет!
Словосочетание "раздельный учет" применительно к особым требованиям к УЭО - это какое-то извращение от ФТС. Учет не может быть не раздельным..