На мой взгляд в описанной ситуации вопрос более сложный, хотя действовать надо так как советуют.
Дело в том, что согласно гл. 7 ТК ТС ( в смоем изощренном восприятии
) для того что бы восстановить преференции по стране происхождения их надо было заявить в ДТ.
В этом случае при отсутствии требуемого документа таможня в соответствии с ст. 63 не принимает заявленные преференции и требует уплатить платежи по полной, что и исполняется декларантом.
Затем декларант обращается за восстановлением !!!( т. е. как я понимаю ранее заявленных) в ДТ преференций.
На первый взгляд может показаться, а какая разница заявлял ли декларант преференции или нет для их восстановления.
Разница в том( подумает умный инспектор) , что не заявляя в ДТ преференции декларант возможно хотел избежать досмотра с целью проверки соответствия товара заявленным сведениям в ДТ о стране происхождения.
Обращение же за восстановлением преференций после выпуска, в случае если преференции в ДТ не заявлялись, лишает таможню возможности проверить товар и заставляет поверить только бумажке.