См. соседнюю тему, у нас похожие проблемы.
https://forum.tks.ru/showthread.php?t=466451&page=3
Судя по всему реальная ситуация такая:
Декларирование электронное, но инструкции для таможни ставить печати на СМР никто не отменял.
А таможни думают, что раз декларирование в цифре, то и печати не нужны.
На всякий случай мы отправили запрос в ФТС, как будет ответ - поделюсь.