[Quantum satis]

Перемещение транзитом не меняет транспорта прибытия груза, следовательно увозя транзитом груз в любой таможенный орган декларирование осуществляется согласно п.2

Северо-Западного таможенного управления, обладает Балтийский таможенный пост (центр электронного декларирования);
Южного таможенного управления, – Новороссийский таможенный пост (центр электронного декларирования);
Дальневосточного таможенного управления, – Владивостокский таможенный пост (центр электронного декларирования);

Вы как-то причудливо читаете. Или причудливо понимаете прочитанное.

1. Установить, что за исключением случаев, указанных в пунктах 2 – 4 настоящего приказа, правомочиями регистрировать таможенные декларации, поданные в форме электронного документа:
1) обладают Приволжский, Уральский, Северо-Кавказский, Акцизный специализированный, Московский областной, Калининградский таможенные посты (центры электронного декларирования), за исключением случаев, установленных подпунктами 2 и 3 настоящего пункта;
2) в отношении товаров, перемещаемых водным транспортом через установленные и открытые морские, речные (озерные) пункты пропуска через Государственную границу Российской Федерации, размещенные в регионе деятельности:

Если пунктами 2 и 3 установлены (а они установлены) таможенные органы, правомочные регистрировать товары, помещаемые под таможенную процедуру таможенного транзита, то это правомочие действует для всех товаров, в том числе и прибывших водным транспортом.