[Touareg]

4000 на всю Россию? Ну, не знаю.
Если "границей" признавать только МАПП и ЖДПП, то, возможно, и так.
Но дело-то в ином. Негоже рассчитывать количество таможенников, танцуя от товарооборота.
Мне так кажется.
Касательно ситуации, описанной в исходном посте, то, очевидно, "недодумали".)
Если регионом деятельности ЦЭД Балтийской таможни объявили всю территорию России, то, ясное дело, что ЦЭД можно "на раз-два" засыпать декларациями по макушку. И никакие сроки соблюдаться не будут. Причём, такая же ситуация может случиться абсолютно с любым там.органом, правомочным регистрировать/выпускать ДТ, если позволить подавать в него ДТ на товары, находящиеся где угодно.

вообще ... всегда "регион деятельности" и "компетенция" были в принципе различные понятия. По большому счёту, "регион деятельности" таможенного органа к возможности декларирования этому таможенному органу вообще мало относится... все случаи по пальцам пересчитать...