Создайте в базе виртуальный склад "Товары ЕАЭС" и "Иностранные товары", пропишите в политике учет номенклатуры на соответствующем складе в зависимости от места приобретения товара.
Не забудьте ввести этот учет до даты представления заявления на статус, чтобы на момент подачи заявления учет уже производился.

Мы так и сделали. Вопросов не было.