Транспортная компания не должна работать с товаром, только с грузом!
Отправитель должен отгрузить определенное количество грузовых мест в упаковке исключающей доступ к содержимому груза (скотч, стретч-пленка, заколоченный ящик) и указать кол-во грузовых мест (не товара!) и вес в отгрузочных документах.
Шаг 1. При принятии груза в пункте назначения пересчитываете кол-во грузовых мест. Если сходится с указанным в отгрузочных документах - Шаг 2. Если не сходится - претензия перевозчику.
Шаг 2. Есть ли следы вскрытия упаковки? Если нет - Шаг 3. Если есть - претензия перевозчику.
Шаг 3. Вскрываете грузовые места, пересчитываете количество товара в грузовых местах. Если сходится - Ура! Если недостача - претензия отправителю.
Все просто