Немножко не согласен с выводами аудиторов..

СРТ Фрахт/перевозка оплачены до (... название места назначения)
Термин "Фрахт/перевозка оплачены до" означает, что продавец доставит товар названному им перевозчику. Кроме этого, продавец обязан оплатить расходы, связанные с перевозкой товара до названного пункта назначения.

- разве по Инкотермсу что-либо говорится про оформления счетов-фактур? я не видел.
Продавец выставил инвойс к оплате, вы обязаны его оплатить, если продавец захотел выделить отдельной строкой фрахт,то это его право(очень часто попадаются такие инвойсы, где отдельной строкой выделен фрахт, а снизу Total CPT... и окончательная сумма к оплате). А если контейнер с грузом месяц простоял где-нибудь в порту, то оплата по счету за хранение - это тоже занижение налогооблагаемой базы для расчета налога на прибыль..?
Если уж совсем прижмет, то обычное письмо от отправителя, в котором продавец пояснит, каким образом в инвойсах складывается конечная цена за товар.