В соответствии с порядком внесения поправок в ГТД после выпуска (п.16 ПК ФТС 762 от 11.08.06) напишите письменное обращение в таможню с просьбой внести изменения. Но эти изменения должны не повлечь за собой необходимость изменения сведений, влияющих на определение размера суммы таможенных платежей (см. статьи 133, 153 ТК РФ).
Грубо говоря, если вы заметили лишь опечатку в графе 42 и хотите привести ГТД в порядок, то все пройдет без проблем. Если же вы хотите обосновать и потребовать затем возврат излишне уплаченных платежей, мне кажется, что это будет очень проблеммно (Это будут уже графы 45, 47, а это - отдельная песня. В этом случае ваш случай - п.11в
Приказа № 830 от 01.09.06).
Возникнет вопрос о том какие счета были предоставлены при таможенном оформлении, на основании которых была расчитана таможенная стоимость.
Я не уверен, что в полном объеме и всё верно описал применительно к Вашему случаю, но думаю, что коллеги, кто реально сталкивался с этим могут дополнить высказанное мною.