При наличии нескольких экспертиз таможня будет в затруднении какую из них брать за основу для начисления штрафа...

Ввиду явной судебной перспективы этого дела в материалы дела желательно приобщить как можно больше документов (писем от поставщика и т.п.) которые бы свидетельствовали об отсутствии состава правонарушения. Кроме того, скорее всего, часть материалов из административного дела будут приобщены к материалам проверки по признакам уголовно наказуемого деяния (по ст. 188 УК) и наличие указанных документов будет не лишним. Если есть в городе ТПП или региональный центр судебной экспертизы (РЦСЭ), они проводят коммерческую экспертизу, то лучше оценку сделать там. Для судов оценка РЦСЭ и ТПП важна.

И еще поправочка: не оспаривайте стоимость ни в таможне, ни в суде. Оспаривая стоимость по экспертизе вы косвенно признаете вину. Нужно оспаривать вину на основании полученных от отправителя документов, т.е. нужно избавляться от состава правонарушения.